Pandemic 2 тоглоомын хоёрдугаар хэсэгт та бүх хүн төрөлхтнийг үхлийн тахал болгон устгах эрхэм зорилгоо үргэлжлүүлэх болно. Тоглоом нь өвчний төрлийг сонгохоос эхэлдэг: вирус, бактери эсвэл шимэгч. Дараа нь та халдварын эхлэх цэгийг сонгох болно. Тэндээс та өвчнөө дэлхийн бусад оронд тараах хэрэгтэй болно. Дэлхий даяар тархсанаар та өвчнөө сайжруулж, хүмүүс өвчлөхгүй байх боломжтой. Хүн төрөлхтөн үүнийг эмчлэх аргыг олохгүйн тулд вирусээ байнга өөрчил. Тиймээс та Pandemic 2 тоглоомонд дэлхийн бүх хүн амыг аажмаар устгах болно
