Эрт үед Японд самурай, нинжа гэсэн хоёр цэрэг дайны хооронд байнгын дайн байсаар байв. Тоглоомын Ninja Runner-д Нинжагийн даргын талд тулалдах болно. Таны зан төлөв командын даргын тушаалыг хүлээн авч, нэг ойд тагнуул хийх самурайн нуранги нуугдаж болно. Таны баатар эр зоригтойгоор ой руу унаж зам дагуу явлаа. Олон аюул, занга нь түүнийг зам дээр нь хүлээж байна. Чиний зан авирыг хянах нь түүнийг үсрэх бөгөөд эдгээр хавханд орохгүй. Хэрэв та дайсны цэргүүдтэй уулзвал тэд бүгд илдний тусламжтайгаар тэднийг устгах болно. Зүгээр л түүний замд ордог янз бүрийн зүйлсийг цуглуул.
