Өнөөг хүртэл Марио зөвхөн муу мөөг, дун, мөнхийн дайсан Баузерын бусад дагуулуудтай тэмцэх ёстой байв. Гэхдээ эдгээр нь Super Mario Commander -т түүнийг хүлээж буй зүйлтэй харьцуулахад зүгээр л цэцэг юм. Сансраас нууцхан дайралт гэнэт Мариогийн ертөнц рүү хийв. Шүд хүртэл зэвсэглэсэн айдас, хорон санаат амьтад нэгэн цагт амар амгалан хаант улсад сүйрэл учруулсан. Марио ноцтой зэвсэг авч, супер баатрын дүрд тоглох ёстой болно. Түүнийг амжилтанд хүрэхийн тулд сантехникч өөртөө шинэ үүрэг гүйцэтгэхэд нь тусал. Супер Марио командлагч дээр сансрын дээрэмчдийн тавцанг цэвэрлэж, дэлхийг дахин эргүүлэн авчрах шаардлагатай байна.
